Zénon, humaniste et médecin brugeois du XVIe siècle, mène une existence errante à travers une Europe déchirée par les guerres de religion, la censure et les persécutions visant les esprits libres de son temps. Le roman, dont le titre emprunte au vocabulaire de l'alchimie — l'« œuvre au noir » désignant la première étape, la plus sombre, du grand œuvre alchimique — permet de mieux comprendre les grands moments intellectuels et éthiques de la Renaissance à travers le destin tragique de son protagoniste.
Le roman reste l'un des ouvrages les plus connus de Yourcenar, salué par la critique et le public pour la profondeur de sa reconstitution historique et pour la puissance de son personnage principal, confronté aux tourments intellectuels et religieux de son époque.
Le roman offre une réflexion intemporelle sur la liberté de pensée face à l'intolérance religieuse et politique, une thématique que Yourcenar traite avec la même exigence de lucidité qui caractérise l'ensemble de son œuvre.