Le roman suit Libby Day, qui a survécu enfant au massacre de sa mère et de ses deux sœurs dans leur ferme du Kansas, massacre dont son frère adolescent a été condamné à vie sur la seule foi de son témoignage d'enfant traumatisée, et qui accepte, des décennies plus tard et à court d'argent, de rouvrir le dossier pour un club privé fasciné par les crimes non résolus, découvrant peu à peu que la vérité de cette nuit tragique pourrait être bien différente de ce qu'elle a toujours cru. Cette structure qui entrelace le présent de l'enquête tardive et les souvenirs reconstitués de la nuit du massacre, racontés également du point de vue de la mère et du frère au fil des chapitres, construit une tension psychologique qui culmine dans une remise en question radicale de la culpabilité initialement établie.
Le roman confirme le talent de Flynn pour le thriller psychologique, préparant le terrain pour le triomphe des Apparences trois ans plus tard, avant une adaptation cinématographique en 2015 avec Charlize Theron dans le rôle de Libby Day.
Les Lieux sombres demeure l'un des thrillers les plus sombres et les plus maîtrisés de Flynn, sa remise en question tardive d'une culpabilité établie depuis l'enfance continuant d'illustrer son goût caractéristique pour l'ambiguïté morale et les vérités enfouies.