Le roman entrelace deux intrigues parallèles, celle d'un homme qui hérite de l'appartement de son oncle à Paris et découvre dans sa cave des indices troublants liés à sa disparition mystérieuse, et celle, minutieusement documentée, de la vie quotidienne d'une colonie de fourmis de la cité de Bel-o-kan, racontée du point de vue d'une exploratrice fourmi confrontée à des découvertes bouleversant les lois mêmes de sa civilisation. Cette construction qui mêle roman d'aventure humaine et vulgarisation scientifique rigoureuse sur la myrmécologie, jusqu'à être mise au programme de certaines classes de biologie, invente le genre de la « philosophie-fiction » qui caractérisera l'ensemble de l'œuvre ultérieure de Werber.
Le roman devient un best-seller international traduit en douze langues dès ses premières années, remporte le prix des lecteurs de Sciences et Avenir, et fait de Werber un auteur-culte en Corée du Sud et en Russie, où ses œuvres se vendent à plusieurs millions d'exemplaires.
Les Fourmis demeure le texte fondateur de la « philosophie-fiction » inventée par Werber, sa fusion entre rigueur scientifique et aventure romanesque continuant d'en faire une référence unique dans le paysage de la science-fiction française.