L'abbé Mael, missionnaire presque aveugle, baptise par erreur toute une colonie de pingouins, confondus dans sa cécité avec des humains ; devant la validité théologique du sacrement, Dieu se voit contraint de transformer les pingouins en êtres humains. Le roman retrace ensuite, sur le mode de la fable satirique, toute l'histoire de cette nation imaginaire de Pingouins, du Moyen Âge jusqu'à l'époque contemporaine de l'auteur, avec une attention particulière portée à une version transposée et mordante de l'affaire Dreyfus, avant de s'achever sur une vision dystopique de l'avenir.
Le roman est accueilli comme l'une des grandes satires politiques de son temps, sa réécriture mordante de l'histoire de France et de l'affaire Dreyfus confirmant définitivement le tournant social et politique pris par l'œuvre d'Anatole France depuis le début du siècle.
Le roman demeure l'une des grandes satires politiques de la littérature française, sa structure de fable absurde appliquée à l'histoire nationale continuant d'être étudiée comme un exemple précoce et virtuose de littérature satirique engagée.