Le roman est constitué de quinze chapitres de formes très différentes : récit de voyage, chronologies de la vie de Flaubert (trois versions, optimiste, pessimiste, et une composée de ses propres notes), dictionnaire, bestiaire, examen. Braithwaite, médecin à la retraite, veuf, sert de narrateur ; il cherche le perroquet empaillé qui aurait inspiré le Loulou d'Un cœur simple. À Rouen, deux musées en revendiquent la possession, et le musée municipal en conserve une cinquantaine. L'enquête sur le perroquet se double d'une enquête sur lui-même : il parle de Flaubert pour ne pas parler de sa femme. Le livre joue ainsi avec la biographie, la critique et la fiction.
Le livre est finaliste du Booker Prize en 1984, reçoit le Geoffrey Faber Memorial Prize en 1985 et, en France, le prix Médicis essai en 1986, ce qui lui assure d'emblée une place à part dans les lettres françaises. On y voit généralement un modèle du roman postmoderne, parce qu'il met en cause l'autorité du biographe et la possibilité de connaître l'intention d'un auteur ; il dialogue notamment avec Roland Barthes et sa « mort de l'auteur ». C'est le livre qui a fait de Barnes un écrivain international. En France, il est publié par Stock puis repris en livre de poche.
Le Perroquet de Flaubert est à la fois un hommage à Flaubert, une satire du travail des universitaires et une méditation sur le deuil. Il montre qu'un livre sur un écrivain peut être une œuvre de fiction à part entière, et qu'une enquête peut dévoiler plus de soi que de l'objet. Il reste, pour les lecteurs de Flaubert, un compagnon drôle et lucide : on y apprend des choses sur Un cœur simple, sur Madame Bovary et sur la correspondance, mais surtout on y réfléchit à ce que l'on espère trouver chez un écrivain aimé.