Composée de vingt-cinq scènes, cette seconde partie met en scène un Faust en quelque sorte lavé de son passé, entraîné dans des aventures d'une portée beaucoup plus allégorique et mythologique que la première partie — le personnage d'Hélène de Troie y joue notamment un rôle important. Le texte s'éloigne du drame personnel de Marguerite pour embrasser une réflexion beaucoup plus vaste sur la civilisation, l'histoire et la rédemption.
Moins immédiatement accessible que la première partie, ce second volet est néanmoins considéré comme l'aboutissement philosophique du projet entier, salué pour son ambition et sa densité symbolique par la critique postérieure.
Le fait même que Goethe achève ce texte un mois avant sa mort, après quarante ans de gestation, en fait un testament littéraire au sens le plus littéral — l'œuvre d'une vie entière, refermée juste à temps.