Le récit se déroule neuf ans après Le Messie de Dune. Les enfants de Paul, Leto II et Ghanima, portent en eux la mémoire de leurs ancêtres, ce qui les expose au danger d'être possédés par ces voix. Leur tante Alia, régente, est menacée par ce péril. Lady Jessica revient sur Arrakis, Duncan Idaho affronte des loyautés contraires, et un Prédicateur étrange annonce la ruine des Atréides. Herbert élargit le point de vue : plusieurs fils politiques se croisent, entre intrigues de cour, tentation de la prescience et transformation de la planète, qui devient plus verte. Il se lit comme un grand tableau où l'avenir de l'espèce se joue à l'échelle de siècles.
Le roman est un grand succès commercial : il figure sur la liste des best-sellers du New York Times et devient l'un des premiers romans de science-fiction en grand format à y figurer. Les lecteurs y ont vu, plus que dans Le Messie de Dune, le pivot du cycle. Il a été adapté en 2003 par la chaîne Sci-Fi sous le titre Children of Dune, mini-série en trois épisodes.
Les Enfants de Dune montre ce que devient un empire quand son fondateur a disparu, et pose la question de la succession d'une légende. Il fait passer le cycle d'un drame individuel à une réflexion sur le long terme : comment un peuple peut-il survivre à ses sauveurs ? Il prépare aussi L'Empereur-Dieu de Dune. Pour un lecteur de Dune, il est la suite logique, où l'on voit les conséquences des choix de Paul.